La sezione archeologica del Museo ne occupa la parte più consistente.

Tra le opere esposte, che documentano la storia dell’Aletrium di epoca romana, spiccano la ben nota epigrafe di Lucio Betilieno Varo (seconda metà II sec. a.C.), rinvenuta nel Settecento in piazza Santa Maria Maggiore, nella quale è descritta l’opera di ristrutturazione urbanistica voluta dal magistrato nel II sec. a.C.; terrecotte architettoniche ed ex-voto fittili del tempietto etrusco- italico, rinvenuto in località “La Stazza” e una ricca varietà di iscrizioni; un mosaico pavimentale (90 - 80 a.C.) policromo con decorazione geometrica in prospettiva, originariamente collocato all’ingresso di una domus repubblicana; una serie di importantissime decorazioni parietali in Primo stile proveniente dalla cosiddetta Domus di Betilieno Varo, ubicata in Piazza Santa Maria Maggiore.