Il Museo è strutturato in varie sezioni.
Al piano terra la sezione dei Viaggiatori di scoperta, un mosaico pavimentale (90-80 a.C.), policromo con decorazione geometrica in prospettiva, originariamente collocato all’ingresso di una domus repubblicana.
Al primo piano sono presenti le sezioni: Antica Aletrium, Epigrafica (con l’epigrafe di Lucio Betilieno Varo) e i Recuperi della Guardia di Finanza. Nello stesso piano si accede tramite una scala ad un mezzanino dove è esposta la sezione del tempio etrusco-italico con reperti recuperati e restituiti dal Museo Nazionale di Villa Giulia

Al secondo piano i servizi igienici

Al terzo piano si trova sezione demoetnoantropologica in cui è esposta una collezione privata di strumenti e attrezzature della tradizione agricola e artigianale locale.

Tutti i piani del Museo sono collegati da ascensore tranne il cd mezzanino (sale del tempietto) collegato con ascensore condominiale raggiungibile dall’interno del museo. Il piano terra presenta due ambienti con dislivello con percorso attrezzato per disabili.
Il piano primo presenta un gradino tra due ambienti dove sono state introdotte delle rampe per agevolare il percorso ai disabili.
Il piano secondo è raggiungibile dal piano sottostante con una scala interna ma si può utilizzare l’ascensore condominiale adiacente passando sempre all’interno del museo.
Il piano terzo è raggiungibile utilizzando l’ascensore e non presenta barriere architettoniche.