Il Convento di San Francesco, oggi Chiostro di S. Francesco, fu costruito insieme all’adiacente Chiesa di San Francesco da una piccola comunità dei frati francescani. Il complesso è situato nel centro storico di Alatri nei pressi dell’omonima porta cittadina: Porta San Francesco.

L’accesso è in Piazza Regina Margherita. Nel 1873 il convento fu soppresso, ceduto al Municipio, che nel 1876 lo adibisce a carcere. La trasformazione a carcere ha comportato diverse e notevoli modifiche. Nel Chiostro del XVI sec. furono completamente tamponate le arcate del portico che lo circondava, ricavando delle celle. Furono chiuse anche le aperture probabilmente esistenti al secondo livello, ricavando un cortile delimitato da pareti continue. Su queste, il ritmo dei pilastri preesistenti venne sostituito dall’ordine gigante di lesene decorate a stucco.
Successivamente, nel 1976, l’edificio, pur rimanendo di proprietà del Comune, fu nuovamente adibito a convento (si riscontrava la presenza in quell’anno di solo due padri conventuali); le celle del vecchio carcere furono adibite a deposito comunale.  

Attualmente, a seguito di interventi di ristrutturazione, gli ambienti al pianterreno dell’edificio sono adibiti a sale espositive dove sono ospitate una parte della collezione dei quadri del Comune ed una collezione fotografica di Gianni Berengo Gardin ispirata ai riti della Settimana Santa di Alatri.
La zona esterna ospita eventi musicali e teatrali soprattutto nella stagione estiva. Il manufatto più importante presente all’interno della struttura e senza dubbio il Cristo nel Labirinto.